Les missions internationales de nature institutionnelle sont le plus souvent encadrées par des ententes de partenariat entre deux institutions. De telles ententes existent depuis plusieurs années entre le CHU Sainte-Justine et des établissements de santé de divers continents.
Dans ce cadre, des équipes sont envoyées sur place pour effectuer des interventions cliniques et pour prodiguer de l'enseignement. À titre d'exemple, un partenariat entre le CHU Sainte-Justine et l'ONG marocaine « Bonnes œuvres du cœur » a été signé en 2005 et a donné lieu à un cycle de quatre missions de professionnels (de 2006 à 2010) à la clinique humanitaire nouvellement construite à Casablanca afin de traiter les malformations cardiaques.
Cette entente prévoyait également l'accueil de médecins et professionnels marocains au sein du CHU Sainte-Justine pour formation, de l'envoi de matériel médical lorsque possible et l'organisation de formation médicale continue par téléconférence.
Du soutien clinique et administratif est également parfois offert à distance lorsque les technologies le permettent. Des médecins et des professionnels d'Asie, d'Afrique, d'Europe ou d'Amérique latine sont également fréquemment reçus à Sainte-Justine dans le cadre de telles ententes et afin de venir enrichir leur formation. Ces échanges sont un excellent moyen d'attraction et de valorisation de professionnels de haut calibre pour le CHU Sainte-Justine.
Les activités du Réseau mère-enfant de la Francophonie (RMEF) sont également à citer dans cet axe. Ce réseau regroupant vingt grands centres hospitaliers universitaires situés dans dix pays vise à soutenir le développement de meilleures pratiques en matière de gestion, de recherche, d'enseignement et de soins. À cet effet, un colloque ainsi que des stages pour les professionnels et les gestionnaires sont organisés annuellement.