Le CHU Sainte-Justine est un des sites les plus importants et l'un des meilleurs au Canada. Les étudiants en pédiatrie formés au CHU Sainte-Justine pour l'Université de Montréal se classent premiers à l'examen du Collège Royal depuis cinq ans.
Le Centre d'enseignement forme des étudiants en médecine en plus des étudiants en soins infirmiers, inhalothérapie, physiothérapie, en pédiatrie et en obstétrique pour toute la province.
Ses programmes d'évaluation continue et de transfert de connaissances sont développés grâce à une collaboration étroite entre la recherche et l'enseignement, afin d'intégrer les connaissances éprouvées dans la pratique clinique à l'intérieur tout comme à l'extérieur de l'hôpital, dans d'autres établissements de soins de la province via la télémédecine.
Le transfert des connaissances, issues de son centre de recherche et de l'analyse de la littérature, est assuré par le centre du savoir mère enfant, qui associe l'enseignement théorique, les méthodes de simulation et la formation en situation réelle. Ce centre est doté d'un centre de télémédecine dédié aux mères et aux enfants, pour assurer la qualité de l'information transmise et participer à la formation des acteurs.