Conscient de sa responsabilité vis-à-vis de l'ensemble de la population du Québec, le CHU Sainte-Justine est également une organisation de santé partenaire des réseaux. Depuis de nombreuses années, le CHU Sainte-Justine est un acteur principal dans la transformation du système de santé québécois en raison de son rôle dans la formation des médecins et des professionnels dans le domaine de la pédiatrie et de l'obstétrique.
Le CHU Sainte-Justine participe également aux travaux et réflexions des institutions gouvernementales, universitaires et autres institutions et organismes de recherche et d'enseignement nationales et internationales. Ce rôle, au niveau du réseau, est facilité par la création du Centre d'Activités Réseau développé par le CHU Sainte-Justine pour apporter à tous les partenaires la collaboration dans les domaines des soins, des services surspécialisés, de réadaptation, de la promotion de la santé, de l'enseignement, de la recherche et de l'évaluation.
Le CHU Sainte-Justine est aussi un partenaire de choix pour les entreprises avec qui il développe de nouveaux produits, fruits de la collaboration avec ses équipes dans tous ses domaines d'expertise. Cette collaboration se retrouve dans les projections de construction de bâtiment hospitalier, de recherche, d'innovation technologique, d'enseignement utilisant des concepts architecturaux guidés par les données probantes respectant les critères de développement durable.
D'autres domaines comme le développement de nouvelles technologies de communication, d'information, de génie biomédical, font l'objet de partenariats avec des entreprises spécialisées. Les approches de pharmacologie clinique basée sur la médecine individualisée et les spécificités de la pharmaco dynamique mère-enfant permettent des collaborations avec l'industrie pharmaceutique pour améliorer les connaissances dans ce domaine et les soins donnés à cette population, souvent oubliée dans les études traditionnelles.
Au niveau international, le CHU Sainte-Justine est une entreprise de santé québécoise réputée. Ses relations internationales s'articulent autour de trois grands axes, soit l'institutionnel, l'humanitaire et le commercial. Dans le milieu francophone, la création en 2002 du Réseau mère-enfant de la Francophonie a permis au CHU Sainte-Justine de créer une communauté de pratique et de partager ses connaissances avec vingt établissements universitaires, spécialisés dans les soins des mères et des enfants à travers le monde. Dans le monde non francophone, le CHU Sainte-Justine bénéficie de collaboration avec des centres hospitaliers et des organismes humanitaires sur les cinq continents.