Afin de réaliser cette synergie permanente entre les équipes de soins, d'enseignement, de recherche, de gestion et d'évaluation, la proximité physique ne suffit pas. Le CHU Sainte-Justine s'est donc structuré suivant un modèle d'organisation approprié pour favoriser la créativité, l'innovation et l'interactivité avec tous ses partenaires.
Le modèle d'organisation par programme, adopté depuis la fin des années 1990, permet d'offrir aux mères et aux enfants qui le nécessitent tous les services dont ils ont besoin, et constitue un milieu favorable à la création, au transfert et à l'évaluation de nouvelles connaissances par la juxtaposition des équipes autour du patient et de sa famille.
Cette transformation du modèle d'organisation des soins nécessite une approche de gestion participative et le développement d'une culture de changement, favorisée par la création d'une école de gestion de santé contextualisée spécifique à l'établissement. Cette approche au centre de laquelle se retrouvent les gestionnaires et les cliniciens leur permet d'interagir en continu et de conjuguer leur dévouement commun pour la cause des mères et des enfants.