La plupart du temps, les agressions sexuelles perpétrées sur les enfants n'engendrent pas de blessure au niveau de la zone génitoanale. L'absence de blessure n'exclut cependant en rien la possibilité que l'enfant ait été victime d'une agression sexuelle.
Certains signes physiques indiquent plus précisément qu'une agression sexuelle a été commise, notamment des lacérations en des endroits bien précis de l'hymen et certaines ecchymoses.
Certains signes physiques sont non spécifiques, c'est-à-dire qu'ils peuvent avoir différentes causes autres que l'agression sexuelle. On peut notamment citer les lésions anogénitales ou entourant cette région, les irritations, les démangeaisons, les écoulements ou saignements de la vulve ou de l'anus, les infections urinaires et les douleurs lors de la miction, la présence d'un corps étranger dans le vagin ou l'anus, les problèmes de constipation, l'énurésie ou l'encoprésie, la dilatation anormale de l'anus et les fissures anales chroniques.